Sala I o Sala de Audiovisual: acoge la recepción de visitantes, almacén y oficinas administrativas, así como documentación gráfica retroiluminada que muestra a través de fotografías antiguas, a las gentes, paisajes y costumbres del enclave isleño. También, una vitrina con el título \"Una isla en una vitrina\", dedicada al patrimonio integral que acoge Nueva Tabarca. Por último, la emisión de un audiovisual con temática basada en las relaciones del hombre y el mar a lo largo de la historia, usando como paradigma de las mismas a este pequeño espacio insular.
Sala II o Sala de Exposición: alberga una muestra expositiva de carácter didáctico, acerca de todos los notables aspectos patrimoniales que posee la Isla, desde su geografía y geología, hasta la belleza y biodiversidad de sus aguas, pasando por su patrimonio etnográfico y el complejo devenir histórico que dio como fruto la configuración de un emblemático proyecto civil y militar en la España de la Ilustración. En esta misma sala, se situa una naya elevada en la que se ubica un pequeño espacio multifuncional para prácticas de escolares, charlas, conferencias, etc.
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